معافیت مالیاتی یکی از امتیازاتی است که شرکت‌های دانش‌بنیان از آن برخوردار می شوند. توجه داشته باشید که معافیت مالیاتی بین شرکت‌های دانش‌بنیان مستقر در پارک علم و فناوری با شرکت‌های خارج از پارک تفاوت‌هایی دارد.

شرکت‌های دانش‌بنیانی که در پارک‌های علم و فناوری مستقر هستند، با استناد به ماده 9 قانون حمایت از شرکت‌های دانش‌بنیان از مزایای شرکت‌های فعال در مناطق آزاد برخوردار هستند. طبق این قانون معافیت مالیات بر درآمد معادل 20 سال در نظر گرفته شده است. این نوع شرکت‌ها برای آغاز فعالیت خود نیازی به دریافت مجوز از سوی کارگروه ارزیابی مالیاتی ندارند.